Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojisi ile
Hastalıkların ortaya çıkmadan önlenmesi ve sağlıklı yeni nesillerin oluşturulmasına katkıda bulunmak amacıyla SMA, Kistik Fibroz, Frajil-X, DMD ve Talasemi başta olmak üzere sık ve nadir görülen genetik hastalıkları tarayan kişiye özgü en geniş tarama testleridir. V2 copy
Taşıyıcılık testi nedir?
Taşıyıcılık taraması, sağlıklı bir kişinin bir genetik hastalığın taşıyıcısı olup olmadığını belirlemek için kullanılan bir genetik testtir. Bir bireyin genetik hastalığı olan bir çocuğa sahip olma riski hakkında bilgi sağlar.
Resesif genetik hastalık nedir?
Çoğu insan farkında olmadan genetik bir hastalığa neden olan bir değişimin taşıyıcısı olabilir. Her iki partner de aynı genetik hastalık için taşıyıcı ise, bu hastalıktan etkilenmiş bir çocuğa sahip olma riski %25, çocuklarının taşıyıcı olma riski ise %50'dir (Şekil 1). Annenin X-bağlı bir hastalık için taşıyıcı olduğu durumda ise, erkek çocukların bu hasta- lıktan etkilenme oranı %50’dir. (Şekil 2)
Her 4 bireyden biri (%24) en az bir adet ağır/hayatı tehdit eden bir genetik hastalık için taşıyıcıdır. İzole etnik gruplar arasında ve akraba evliliklerinin yaygın olduğu toplumlarda çiftlerin aynı mutant geni taşıma olasılıklarının yükselmesi nedeniyle bu hastalıkların görülme sıklığı önemli derecede artmaktadır1. Dünya genelinde yaklaşık 400 milyon insanın yaygın veya nadir genetik hastalıklardan etkilendiği tahmin edilmektedir2.
Amerika ve Avrupa’daki saygın bilimsel otoriteler (ACOGa,ESHREb,ESHGc), özellikle evlilik ve doğum öncesinde sık görülen genetik hastalıklar için taşıyıcılık testlerinin uygulanmasını tavsiye etmektedir3.
 |  |
İncelenen gen sayısı
|
| 427 | ~22000 (tüm genler) |
Değerlendirilen hastalık sayısı SMA1, Frajil X2, DMD1, Talasemi3, Kistik Fibroz3
|
| >500 | >7000 |
Teknik
|
| Yeni Nesil Dizileme (NGS)* | Yeni Nesil Dizileme (NGS)* |
Kapsam
|
| >20X %99.6 | 40X %96 , 100X %75 |
Kimler taşıyıcılık testi yaptırmalıdır?
|
| Evlilik Öncesi | Evlilik Sonrası + Akraba Evliliği |
| - Tüp bebek tedavisi öncesinde | - Ailesinde genetik hastalık öyküsü bulunan çiftler |
| - Doğum öncesinde | - Genetik hastalık tanısı konulmuş çocuk sahibi olan çiftler |
| - Risklerini öğrenmek isteyen tüm çiftler | - Genetik bir hastalık için taşıyıcı olup olmadığını öğrenmek isteyen tüm bireyler |
| ACMG klavuzu doğrultusunda oluşturulan panel kapsamında sık ve nadir görülen, morbidite ve mortalite üzerinde önemli bir etkiye sahip 400'den fazla otozo- mal resesif ve X'e bağlı hastalık için taşıyıcılık taraması yapılmaktadır. | ACMG kılavuzu doğrultusunda oluşturulan panel kapsamında sık ve nadir görülen, morbidite ve mortalite üzerinde önemli bir etkiye sahip CFTR, SMA, Frajil-X, DMD, HBB dahil toplam 22.000’den fazla genle ilişkili 7000’den fazla genetik hastalığın taraması yapılmaktadır. |
* Varyant pozitifliği 1MLPA, 2rpPCR ve 3Sanger sekanslama yöntemleriyle konfirme edilmektedir. |
| Panellerin kapsamları için lütfen Tablo 2’yi inceleyiniz. |
| |
Neden Taşıyıcılık Testi Yaptırmalıyım?
- Bireylerin kalıtsal hastalıklar açısından risklerini belirlemesine olanak sağlar.
- Gebelik öncesi dönemde preimplantasyon genetik tanı (PGT) yöntemi ile embriyolarda genetik ayıklama yapılmasına olanak sağlar.
- Doğum öncesi dönemde prenatal tanı yapılabilmesine olanak sağlar.
- Yenidoğanlarda ve çocuklarda erken tanı ile bazı genetik hastalıkların zararlı etkilerinin diyet, yaşam stili veya gerekli tedaviler ile azaltılmasına olanak sağlar.
- Genetik hastalıklar açısından sağlıklı bir aile kurmanıza yardımcı olur.
Avantajları:
- ACMG Klavuzu doğrultusunda genetik hastalıkları tarayan en geniş taşıyıcılık testleri
- Yeni nesil sekanslama (NGS) teknolojileri ile yüksek çözünürlük ve kapsama oranları (>20X %99.6, 40X %96, 100X %75)
- SMA, Frajil X, DMD, Talasemi ve Kistik Fibroz gibi hastalıklar için gold standart kabul edilen MLPA, Sanger ve rpPCR gibi ek doğrulama yöntemlerinin kullanılması
- Maksimum 4-6 hafta içerisinde sonuçlanma süresi
- Kan, tükürük veya buccal swab (ağız içi epitel hücre) örneklerinden çalışılabilir olması
Tablo 2: GENETİKS 180 ve 360 taşıyıcılık panelleri kapsamındaki tekgen hastalıklarından bazıları* |
|---|
21- hidroksilaz eksikliğine bağlı konjenital adrenal hiperplazi (CYP21A2) | Hemofili A (F8) |
Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF) | Metakromatik lökodistrofi |
Ailesel hiperinsülinizm | Metilmalonik asidüri-metilmalonil-CoA mutaz eksikliği |
Alfa talasemi (HBA) | Orak hücre hastalığı (HBB) |
Ataksi-telenjiektazi | Orta zincirli açil-KoA dehidrogenaz (MCAD) eksikliği |
Beta talasemi (HBB) | Frajil X (FMR1) |
Biyotinidaz eksikliği | Polikistik böbrek hastalığı, PKHD1 ile ilişkili |
Charcot-Marie-Tooth hastalığı (PMP22) | Pompe hastalığı |
Çok uzun zincirli asil-KoA dehidrogenaz (VLCAD) eksikliği | Retinitis pigmentosa |
Fenilalanin Hidroksilaz eksikliği (Fenilketonüri - PAH) | Sendromik olmayan işitme kaybı, GJB2 ile ilişkili |
Fraser sendromu | Düşen Müsküler Distrofi (DMD) |
Gaucher hastalığı | Sistatiyonin betasentaz eksikliğine bağlı homosistinüri |
Gitelman sendromu | Spinal müsküler atrofi (SMA) |
Glutarik asidüri, tip I | Spinoserebellar ataksi 10 |
Kalıtsal fruktoz intoleransı | TenascinX eksikliğine bağlı Ehlers-Danlos benzeri sendrom |
Kısa zincirli açil-koA dehidrogenaz (SCAD) eksikliği | Tirozinemi, tip 1 |
Kistik Fibrozis (CFTR) | Wilson hastalığı |
Kseroderma pigmentozum, grup D | Tirozinemi, tip 1 |
EK BİLGİLER
METOT/VALİDASYON
Dizi varyantları ve küçük insersiyon/delesyonlar: Tüm gen dizilimi (kodlama bölgeleri ve bitişik intronik/splice bölgeler) en az 20 bağımsız dizi okuması (20x) tarafından kapsanan bazların >%99'u ile gerçekleştirilir. Ayrıca ClinVar ve Human Gene Mutation Database'de (HGMD) belirtilen intronik ve promoter mutasyonlar >%98 hassasiyetle hedeflenir.
Delesyon/duplikasyonlar (del/dup): Kopya sayısı varyantları (delesyon/duplikasyonlar) gelişmiş biyoinformatik algoritmalar kullanılarak tespit edilir. Bu yöntemle bulunan patojenik varyantlar Sanger sekanslama, MLPA veya kantitatif PCR (qPCR) ile doğrulanır.
Frajil X: FMR1'in 5' UTR trinükleotid tekrarı (CGG) genişlemesi, repeat-primed PCR (rpPCR) ile tespit edilir. Premutasyon taşıyıcıları, AGG kesintilerini tespit etmek için Sanger sekanslama ile sekanslanır.
Spinal Musküler Atrofi: SMN1 genindeki kopya sayısı değişiklikleri (CNV) NGS ile taranır ve MLPA ile doğrulanır. Spinal musküler atrofi için nokta mutasyonları, yüksek sekans homolojisi nedeniyle tespit edilmez.
Psödogenler: Hastalık genlerinde (Gaucher hastalığı için GBA ve alfa talasemi için HBA1/HBA2 gibi) oldukça benzer inaktif muadillere sahip taşıyıcı mutasyonları tanımlamak için tescilli biyoinformatik araçlar kullanılır.
REFERANSLAR
1 Lazarin GA, Haque IS, Nazareth S, et al. An empirical estimate of carrier frequencies for 400+ causal Mendelian variants: results from an ethnically diverse clinical sample of 23,453 individuals. Genet Med. 2013 Mar;15(3):178-86. doi: 10.1038/gim.2012.114.
2Nguengang Wakap S., Lambert D. M., Olry A., Rodwell C., Gueydan C., Lanneau V., et al. (2020). Estimating cumulative point prevalence of rare diseases: analysis of the orphanet database. Eur. J. Hum. Genet. 28 165–173.10.1038/s41431-019-0508-0.
3Committee Opinion No. 690: Carrier Screening in the Age of Genomic Medicine. Obstet Gynecol. 2017 Mar;129(3):e35-e40. doi: 10.1097/AOG.0000000000001951.